
【化】 molecular simulation
element; member; molecule; numerator
【計】 molecusar
【化】 molecule
【醫】 molecule
imitate; simulate; simulation
【計】 A; analog; analogy; breadboarding; imitator; modeling; simulation
【化】 simulation
【醫】 mimesis; mimicry; mimosis
【經】 simulation
分子模拟(Molecular Simulation) 是從原子與分子層面出發,利用計算機模型模拟物質結構、運動及相互作用,進而預測其物理化學性質的計算科學方法。其英文對應術語為"Molecular Simulation",強調通過數值計算重現或預測分子體系的行為。
基于牛頓力學,通過求解原子運動方程模拟分子隨時間的演化軌迹,分析構象變化、擴散行為等動态性質。經典力場(如AMBER、CHARMM)描述原子間相互作用。
基于統計力學,通過隨機采樣分子構型計算體系熱力學性質(如自由能、相平衡),適用于平衡态研究。
依賴量子力學與統計力學基礎:
$$hat{H}Psi = EPsi$$
$$P_i propto e^{-E_i/k_BT}$$
權威參考來源
分子模拟是一種通過計算機模型和物理理論模拟分子行為的技術,其核心在于将複雜的分子體系簡化為可計算的模型,從而研究結構、動力學及熱力學性質。以下是詳細解釋:
分子模拟利用量子力學、分子力學或分子動力學等方法,在原子層面構建模型,預測分子運動、相互作用及宏觀性質演變。它兼具理論與實驗的雙重屬性,可作為兩者間的橋梁,通過數值計算驗證假設或補充實驗難以觀測的原子級細節。
經典分子動力學(MD)
基于牛頓力學模拟原子運動軌迹,通過力場描述相互作用,適用于大規模體系(如蛋白質折疊、材料科學)。優勢在于可處理百萬原子級系統,但無法描述化學鍵斷裂/形成。
量子力學模拟(QM)
基于薛定谔方程精确計算電子行為,適用于化學反應、電子轉移等場景(如密度泛函理論DFT),但計算量極大,僅限小體系(數百原子内)。
混合方法(QM/MM)
将體系分為量子力學處理的活性區域和經典力場描述的非活性區域,平衡精度與效率。
如需進一步了解具體技術細節或案例,、等來源。
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