
【計】 adjacent method
neighbor; adjacency; abut; abut upon; abutment; adjoin; bound
【機】 adjoin
dharma; divisor; follow; law; standard
【醫】 method
【經】 law
鄰接法(Neighbor-Joining Method)是系統發育學中用于構建進化樹的一種距離矩陣算法,由Saitou和Nei于1987年提出。其英文全稱為"Neighbor-Joining Method",簡稱NJ法,屬于非加權配對算術平均法(UPGMA)的改進版本,通過最小化分枝長度總疊代計算來推定物種間的親緣關系。
該方法的三個核心特點:
在分子進化研究中,鄰接法常與以下數據配合使用:
數學表達上,疊代過程遵循: $$ S{ij} = frac{1}{2}(d{ik} + d{jk} - d{ij}) $$ 其中$d{ij}$表示分類單元i與j的遺傳距離,$S{ij}$為分枝節點k到i,j的路徑長度。每輪疊代将Q值最小的兩個類群合并,直至完成拓撲構建。
參考文獻:
“鄰接法”(Neighbor-Joining,簡稱NJ法)是一種常用于構建系統發育樹(進化樹)的算法,主要用于生物信息學或分子生物學領域,通過分析物種間遺傳距離推斷進化關系。以下是詳細解釋:
鄰接法是一種基于距離矩陣的聚類方法,由Saitou和Nei于1987年提出。它通過疊代合并距離最近的節點(或分類單元),逐步構建無根樹,最終形成樹狀拓撲結構。其核心思想是最小化樹的總分支長度,尤其適用于序列間進化距離差異較大的情況。
主要用于分子進化分析,例如:
如需了解具體計算過程或公式,可參考生物信息學工具(如MEGA、Phylip)的實現方式,或查看原始文獻。
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