原址在 江蘇省 江陰縣 城内。 清 光緒 九年 江蘇 學政 黃體芳 創立。以經史詞章教授學生。 王先謙 曾講學于此，輯成《皇清經解續編》一四三○卷，又刊《南菁叢書》及《南菁劄記》。廢科舉後，改為 南菁 學校。
南菁書院是清代江南地區重要的教育機構，創辦于光緒八年（1882年），由江蘇學政黃體芳在江蘇江陰倡議興建，得名于朱熹《子遊祠堂記》中“南方之學，得其菁華”一句，旨在傳承儒家經典與經世緻用之學。書院以“南菁”為名，既體現地理方位，又強調學術精粹的彙聚。
從教學體系看，南菁書院打破傳統書院模式，率先實行分科教學，設置經學、古學、算學、輿地等學科，并引入西方科學課程，成為晚清教育改革的重要實踐地。其藏書樓“南菁講舍”曾藏有《皇清經解續編》等典籍八千餘卷，為學術研究提供豐富資源。
書院培養出大批著名學者，如目錄學家缪荃孫、教育家唐文治等，其“崇實學、黜浮僞”的治學精神對近代中國高等教育産生深遠影響。現存南菁書院舊址為江蘇省文物保護單位，部分建築仍保留清代書院格局，見證了中國傳統教育向現代轉型的曆史軌迹。
南菁書院是清代著名的教育機構，其名稱與曆史背景、學術貢獻及現代傳承密切相關，具體可從以下幾個方面解析：
若需進一步了解書院的學術著作或名人校友，（黃體芳與南菁書院）及（江蘇省南菁高級中學校史）。
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