原址在 江苏省 江阴县 城内。 清 光绪 九年 江苏 学政 黄体芳 创立。以经史词章教授学生。 王先谦 曾讲学于此，辑成《皇清经解续编》一四三○卷，又刊《南菁丛书》及《南菁札记》。废科举后，改为 南菁 学校。
南菁书院是清代江南地区重要的教育机构，创办于光绪八年（1882年），由江苏学政黄体芳在江苏江阴倡议兴建，得名于朱熹《子游祠堂记》中“南方之学，得其菁华”一句，旨在传承儒家经典与经世致用之学。书院以“南菁”为名，既体现地理方位，又强调学术精粹的汇聚。
从教学体系看，南菁书院打破传统书院模式，率先实行分科教学，设置经学、古学、算学、舆地等学科，并引入西方科学课程，成为晚清教育改革的重要实践地。其藏书楼“南菁讲舍”曾藏有《皇清经解续编》等典籍八千余卷，为学术研究提供丰富资源。
书院培养出大批著名学者，如目录学家缪荃孙、教育家唐文治等，其“崇实学、黜浮伪”的治学精神对近代中国高等教育产生深远影响。现存南菁书院旧址为江苏省文物保护单位，部分建筑仍保留清代书院格局，见证了中国传统教育向现代转型的历史轨迹。
南菁书院是清代著名的教育机构，其名称与历史背景、学术贡献及现代传承密切相关，具体可从以下几个方面解析：
若需进一步了解书院的学术著作或名人校友，（黄体芳与南菁书院）及（江苏省南菁高级中学校史）。
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