
【化】 peptidyl site
【化】 peptide
【醫】 peptid; peptide; phthalein
【機】 root
digit; location; place; potential; throne
【計】 D
【化】 bit
【醫】 P; position
【經】 bit
在生物化學領域,"肽基部位"(英文:Peptidyl Site,簡稱P-site)特指核糖體上結合正在延伸的多肽鍊-tRNA複合物的關鍵功能位點。以下是其詳細解釋:
位置與功能
肽基部位是核糖體大亞基上的兩個主要tRNA結合位點之一(另一個是氨酰基位點/A-site)。它負責容納攜帶新生肽鍊的tRNA(肽基-tRNA)。當新的氨基酸在A-site通過肽鍵連接到肽鍊後,整個肽鍊會轉移到P-site的tRNA上,驅動肽鍊延伸 。
化學本質
"肽基"(Peptidyl)指由肽鍵(-CO-NH-)連接的氨基酸殘基組成的基團。在P-site中,肽基-tRNA的CCA末端(攜帶肽鍊的部分)與核糖體緊密結合,确保翻譯的準确性 。
當氨酰-tRNA進入A-site後,核糖體催化P-site上肽基-tRNA的羧基與A-site氨基酸的氨基形成肽鍵,隨後肽鍊轉移至A-site tRNA。移位(Translocation)後,原A-site的tRNA(現攜帶肽鍊)移至P-site,為下一輪延伸做準備 。
P-site的精準定位保障了mRNA密碼子與tRNA反密碼子的對應,避免翻譯錯誤。若P-site功能異常,将導緻肽鍊延伸終止或産生錯誤蛋白 。
Nelson, D. L., & Cox, M. M. (8th ed.). W.H. Freeman. ISBN: 9781319228002.
(第30章詳細描述核糖體P-site在翻譯中的作用)
Alberts, B., et al. (7th ed.). Garland Science. ISBN: 9781317563754.
(第6章闡釋核糖體結構與功能)
中文 | 英文 | 縮寫 |
---|---|---|
肽基部位 | Peptidyl Site | P-site |
氨酰基部位 | Aminoacyl Site | A-site |
肽基-tRNA | Peptidyl-tRNA | - |
移位 | Translocation | - |
肽基部位(又稱肽基或肽單位)是蛋白質肽鍊中的基本結構單元,具體指由肽鍵連接形成的平面結構部分。以下是詳細解釋:
結構組成 肽基部位包含以下原子和基團:
平面剛性特征 這些原子和基團共同構成一個近似平面的剛性結構。這種平面性源于肽鍵的部分雙鍵特性(共振雜化作用),導緻C-N鍵無法自由旋轉,從而維持了結構的穩定性。
生物學意義 該平面結構是蛋白質二級結構(如α-螺旋、β-折疊)形成的基礎。多個肽基部位的排列方式直接影響蛋白質主鍊的空間構象,對維持蛋白質功能至關重要。
補充說明:疏水内核(蛋白質内部的疏水區域)與肽基部位的協同作用,共同維持蛋白質三維結構的穩定(相關機制可參考疏水作用力與氫鍵的相互作用)。
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