dideoxynucleotide是什么意思,dideoxynucleotide的意思翻译、用法、同义词、例句
常用词典
双脱氧核苷酸
例句
Dideoxynucleotide is chain-elongating inhibitor of DNA polymerase.
二脱氧核苷酸是 DNA 聚合酶的链延长抑制剂。
专业解析
dideoxynucleotide(双脱氧核苷酸) 是一种经过化学修饰的核苷酸,在分子生物学,特别是DNA测序技术中扮演着关键角色。其名称和功能源于其特殊的化学结构:
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术语构成与基本含义:
- “Di-” 表示“二”或“双”。
- “Deoxy-” 表示“脱氧”,指其糖基(通常是脱氧核糖)上缺少一个氧原子(相较于核糖核苷酸)。
- “Nucleotide” 指核苷酸,是构成核酸(DNA和RNA)的基本单位。
- 因此,dideoxynucleotide 的字面意思是“双脱氧核苷酸”。这特指其分子中的脱氧核糖部分不仅在第2'位碳原子(这是所有DNA核苷酸的特征)上缺少羟基(-OH),更重要的是在第3'位碳原子也缺少羟基(-OH)。这个关键的3'羟基缺失是其功能的核心。
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关键生化特性与功能:
- 在标准的DNA合成(复制)过程中,DNA聚合酶通过催化新加入的脱氧核苷三磷酸(dNTP)的5'磷酸基团与正在延伸的DNA链末端核苷酸的3'羟基(-OH)之间形成磷酸二酯键,从而将核苷酸逐个连接起来。
- dideoxynucleotide(通常缩写为 ddNTP,如 ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP)缺少这个至关重要的3'羟基。
- 当一个ddNTP被DNA聚合酶当作底物,通过其5'三磷酸基团掺入到正在合成的DNA链时,由于没有3'羟基,下一个核苷酸就无法与之形成磷酸二酯键。
- 结果:DNA链的延伸在掺入ddNTP的位置被不可逆地终止。
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核心应用:桑格测序法(链终止法):
- dideoxynucleotide 最著名的应用是在弗雷德里克·桑格发明的双脱氧链终止法测序(Sanger sequencing) 中。
- 该方法的核心原理是利用ddNTP的这种链终止特性:
- 设置四个独立的DNA合成反应(或一个混合反应),每个反应包含:
- 待测序的DNA模板(单链)。
- 引物(与模板特定区域互补的短DNA片段)。
- DNA聚合酶。
- 四种标准的脱氧核苷三磷酸(dATP, dCTP, dGTP, dTTP)。
- 以及少量的一种双脱氧核苷三磷酸(ddATP, ddCTP, ddGTP 或 ddTTP)。
- 在反应过程中,DNA聚合酶会随机地在模板链的指导下,掺入标准的dNTP或相应的ddNTP。
- 当掺入ddNTP时,该条新合成链的延伸即在此位置终止。
- 由于ddNTP是少量随机掺入的,每个反应会产生一系列长度不等的DNA片段,这些片段都起始于相同的引物,但终止于模板链上该种ddNTP(A, C, G 或 T)对应的位置。
- 通过高分辨率的凝胶电泳或毛细管电泳分离这些片段(传统方法使用放射性或荧光标记进行检测),就可以根据片段的长度确定终止点的位置,从而读出DNA模板的核苷酸序列。
Dideoxynucleotide (ddNTP) 是一种缺少3'羟基的修饰核苷酸。这一结构特征使其在掺入到正在合成的DNA链时,会阻止后续核苷酸的连接,导致DNA链延伸终止。这一特性被革命性地应用于桑格测序法(链终止法),成为第一代DNA测序技术的基石,对现代基因组学的发展起到了至关重要的作用。
参考资料:
- National Center for Biotechnology Information (NCBI) Bookshelf: Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. Molecular Biology of the Cell. 4th edition. New York: Garland Science; 2002. The Polymerase Chain Reaction (PCR). Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26850/ (This chapter discusses DNA synthesis mechanisms, relevant to understanding the role of the 3' OH and how ddNTPs disrupt it).
- Sigma-Aldrich (Merck) Technical Library: Sanger Sequencing. Available from: https://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/technical-article/genomics/sequencing/sanger-sequencing (Provides a clear technical overview of the Sanger sequencing method and the role of ddNTPs).
- Nature Milestones in DNA Technologies: Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977 Dec;74(12):5463-7. doi: 10.1073/pnas.74.12.5463. (The seminal paper describing the method). Available via DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.74.12.5463
网络扩展资料
双脱氧核苷酸(dideoxynucleotide,缩写为ddNTP)是一种在DNA测序中起关键作用的分子,其名称和功能可通过以下角度解释:
1. 词源与结构
- 名称由三部分构成:前缀“di-”(意为“双”)+“deoxy”(脱氧,指糖分子缺少一个羟基)+“nucleotide”(核苷酸)。
- 结构特点:与普通脱氧核苷酸(dNTP)相比,ddNTP的脱氧核糖在2'和3'碳位点均缺少羟基(普通dNTP仅2'位脱氧)。这种双脱氧结构使其无法形成磷酸二酯键。
2. 功能机制
- 在DNA复制过程中,当ddNTP被聚合酶随机掺入新生链时,由于缺少3'-OH基团,无法与下一个核苷酸连接,导致DNA链延伸终止。这一特性被用于Sanger测序法(双脱氧终止法),通过不同长度的终止片段推断DNA序列。
3. 应用场景
- 经典测序技术中,四种ddNTP(ddATP、ddTTP、ddCTP、ddGTP)分别标记不同荧光或同位素,通过电泳分离终止片段,实现DNA序列读取。现代高通量测序虽技术不同,但其原理仍受此启发。
对比示例:
- 普通dNTP:脱氧核糖2'位无羟基,但3'位有羟基 → 允许链延伸。
- 双脱氧ddNTP:2'和3'位均无羟基 → 终止延伸。
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